Ngài qua đời năm 2002.
Tại đền thờ Laterano thứ Sáu 5 tháng Bẩy, chúng ta sẽ chứng kiến việc kết thúc giai đoạn giáo phận của vụ án liên quan đến người Việt Nam từng là tù nhân 13 năm của chế độ cộng sản.
Trong ngày thứ Sáu này, hầu như cùng lúc với việc trình bày thông điệp đầu tiên của Đức Giáo Hoàng Phanxicô, Lumen Fidei, tại đền thờ Laterano cũng sẽ là lúc kết thúc giai đoạn giáo phận của tiến trình phong Chân Phước cho vị Hồng Y người Việt Nam Phanxicô Xavie Nguyễn Văn Thuận (1928-2002).
Nguyên là giám mục Nha Trang, trước khi được phong làm Tổng giám mục Saigon một vài ngày trước khi quân đội miền Bắc chiếm đóng Thủ đô của miền Nam Việt Nam, Đức Cha Thuận bị chế độ cộng sản bỏ tù 13 năm, sau đó, được thả ra và bị lưu đày.
Tại Vatican, đầu tiên Đức Cha Thuận là Thư ký, sau là Chủ tịch của Hội đồng giáo hoàng về Công lý và Hoà bình, và được tấn phong Hồng Y bởi Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolô II. Ngài qua đời năm 2002.
Cũng trong ngày thứ Sáu, sau Thánh lễ long trọng tại Vương cung thánh đường thánh Antôn Padova tại Rôma, tại giảng đường Antonianum sẽ diễn ra việc công bố bản dịch tiếng Ý của 6 lá thư mục vụ của Đức Hồng Y Thuận, được viết giữa năm 1968 và 1973, được Libreria Editrice Vaticana ấn hành và được Hội đồng giáo hoàng Công lý và Hoà bình sắp xếp.
Đức Hồng Y Peter Appiah Turkson, Chủ tịch Hội đồng giáo hoàng Công lý và Hoà bình phát biểu sáng nay trong cuộc họp báo nhân dịp giới thiệu cuốn sách:
“Tham vọng chính của Đức Hồng Y Nguyễn Văn Thuận, người giáo dục dân của mình theo nguyện ước của Mẹ Têrêxa Calcutta: một cây bút chì trong bàn tay Thiên Chúa, để Người viết điều Người muốn”.
Suốt trong vụ án khởi đầu từ ngày 22/10/2010 và kéo dài khoảng hai năm rưỡi, ngoài những thành viên của Uỷ ban lịch sử, gần 120 Hồng Y, giám mục, linh mục và thân nhân của Đức Hồng Y và giáo dân đã được tham khảo. Sau khi một phái đoàn đi Việt Nam bị huỷ bỏ vào phút chót bởi chính quyền Hà Nội, họ thu được 26 chứng từ viết cho tiến trình vụ án, được xác nhận bởi những vị có thẩm quyền, những người ở tại Việt Nam, những họ hàng, đồng nghiệp và bạn bè của Đức Hồng Y.
Tổng cộng, hồ sơ của trường hợp này lên đến 1,650 trang, cũng phải thêm vào đó 10,974 trang viết của Đức Hồng Y Thuận, phần lớn chưa được xuất bản.
Đối với Đức Cha Mario Toso, Thư ký của Hội đồng giáo hoàng Công lý và Hoà bình, Đức Hồng Y Thuận đã có những đóng góp to lớn tương tự như của Đức Hồng Y Jorge Mario Bergoglio, giờ đây là Đức Giáo Hoàng Phanxicô đối với việc trình bày cuộc khủng hoảng trên phạm vi toàn cầu và những chính sách có tầm vóc vĩ mô.
Đức Cha Mario Toso nói: "Như Đức Giáo Hoàng Phanxicô vừa mới nhắc lại: trong thời đại có những xung đột xã hội và suy đồi chính trị… những người mạnh nhất thường nhìn những kẻ yếu nhất như cuộc đời họ coi như đồ bỏ”.
Trước nền văn hoá này, còn cách đáp trả nào tốt hơn là cách của vị Hồng Y người Việt Nam, đó là "Khi còn là một tù nhân trong hoàn cảnh nghèo đói và hạn chế tự do, ngài không bị mất tinh thần, ngài chẳng hề căm ghét những kẻ bắt bớ… trong khi ngài bị “cải tạo” bởi vũ lực, ngài đã cải hoá các thù địch bằng một phương pháp khác. Những lính canh trở thành học trò của ngài.”
Sau khi đóng lại giai đoạn giáo phận của vụ án, vào ngày 5 tháng 7, tài liệu sẽ được gởi đến Thánh bộ phong thánh. Vào ngày 6/7, dự trù có cuộc gặp gỡ với Đức Thánh Cha Phanxicô và Thánh lễ tại Nhà thờ Santa Maria della Scala tại Roma, nơi vị Hồng Y người Việt Nam được chôn cất.